传统理论认为，水体污染后种植水生植物是一种生态无污染的水处理方法，该方法就是模拟生态系统的结构，对食物链中的生物进行合理配置，从而使食物链中各个生物之间能相辅相成。遗憾的是这种方法掌握起来较难，管理技术要求颇高，调控过程非常复杂，抗自然灾害风险能力很弱。

种植水生植物的水环境是一种比较复杂的生态系统，而水体本身就是一个微生物生态系统。这种微生态系统更原始，更稳定，更易维持。湖泊，河流，海洋等各种地面水中都存在着各种各样的微生物，但它们所含的微生物种类、数量和分布都不相同。其中有些是“土生土长”的，例如自养菌中的硫磺细菌，硝化细菌，铁细菌，光合细菌等。异养菌中的假单胞杆菌，放线菌，真菌，原生动物及藻类。另一些水生细菌是外来的，它们来自土壤，空气，垃圾，工厂废物或城市下水道污水。在这些微生物中，其中对水体感官比较好的是好氧菌，其可以利用水体中的污染物为营养物质进行生长繁殖，而且它们的代谢产物同人类相同，都是二氧化碳和水。

微生态学原理也被完美应用于景观水处理行业中。北京佳业佳境环保科技有限公司的HDP景观水直接净化技术工艺首次直接在景观水体内部建立一个“看不见的污水处理厂”，培养庞大的微生物种群，建立健康的微生态体系，使微生物通过新陈代谢完成对污染物的去除，达到水质净化的目的，是一种更为经济有效的生态方法。