要控制水体中的叶绿素a含量归根到底就是要控制水中藻类的生长。现在常用的除藻方法可归为以下三类：

  （1）机械控制法

   机械控制法又称物理控制法，它是一种最安全的方法。这个方法基本是徒手或使用工具、设备等将水中的藻类除掉。对丝状藻而言，使用本法具有某种程度的时效，可以将大部份的丝状藻从水中移走。但对单细胞藻类则效果极为有限，即使运用机械过滤方式来处理，不仅既费电力，且过滤微细藻类的效率也不佳。 机械控制法特别有利於著生在岸边的丝状藻之移除，但对於水底丝状藻的移除，则较为困难，因为它们不容易被发现。使用过滤设备要滤除微细藻类时，因受到处理效率的限制，也只能应用於小池子，故本法并不能真正解决藻害问题。

  （2）化学控制法

  化学控制法是一种最有效但却是最不安全的方法。这个方法基本上是一种使用化学药品将水中藻类除掉的方法，但是化学药剂一般对环境有毒害作用，持续使用会给自然环境造成一定污染，且对水中的生物、接触水的人类健康也有一定影响。绝大部分的业者均用此法来控制过度生长的藻类，虽然它的安全性堪虑，但因比机械控制法较为经济得多，故仍然受到业者欢迎。

  本方法理论上应由技术人员来使用比较合适，因为化学藻药品处理的成败，要看除藻剂的品质与种类、所要控制藻类的种类、鱼的安全性、施用的时间与技术，以及使用时的专业程度而定。但是，事实上，在多数情况下，本法均由业者自行使用，这是相当不妥当的作法，极易因药剂用量有偏差导致鱼类大量死亡。

  （3）生物控制法

  生物控制法是一种最自然但也最不容易采用的方法。这个方法基本上是利用生物竞争生存资源的原理来间接抑制藻类过度生长，或利用食物链的原理来直接消耗藻类的方法。但是往水里直接投洒微生物制剂效果差强人意，因为微生物会随着水流动流失，引入其他微生物也许会对当地的生物群落造成不良的影响。

  具体实施时，采用改进的生物控制法：通常会在水体中安放特殊的微生物载体——生物填料，使水中原有的土著微生物自然地附着在载体上大量生长，形成成片的生物膜，能够快速、高效的降解水中的污染物，极大地强化了水体的自净能力，同时也避免了投撒生物制剂法的弊端，无二次污染。在国内使用这个方法来控制藻害的例子在逐渐增多。这是目前国内控藻的最为实用、没有二次污染的一种办法。这种生物填料载体模式再配合超大流量造流曝气机等设备，就能够组成整套的生物接触氧化-直接净化景观水的技术，能够彻底地清除景观水中的污染物，常年保持水质清澈。